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연구소/전담부서 설립신고 제도는 일정요건을 갖춘 기업부설연구소와 연구개발전담부서를 신고ㆍ인정함으로써 각종 조세ㆍ관세ㆍ자금지원 및 병역특례 등의 혜택을 부여하고 기업의 기술개발을 적극적으로 촉진ㆍ유도하는 동시에 이들 연구조직을 효율적으로 육성ㆍ지원하기 위하여 1981년부터 제정되었으며, 先설립後신고 제도이다.
사)한국산업기술진흥협회로 서울과 대전 각각 지사가 있으며, 신청기업의 관할 지역에 따라 신고서류 일체를 접수한다.
- 접수일로부터 30일 이내에 팩스로 인증서 발급 통보를 받는다. - 서류미비 및 보완사항이 필요한 경우에는 다음 단계로의 진행이 어려우므로 바로 보완하는 것을 권장하며, 한국산업기술진흥협회로부터 팩스 또는 전화로 보충 자료를 요청받는다.
    구분 신고요건
인적
요건		 기업부설연구소 벤처기업 2명 이상
(단, 개업일로부터 5년 이내에 한함)
연구원창업 중소기업
중소기업 5명 이상
(2011년까지 한시적으로 3명)
국외에 있는 기업연구소
(해외연구소)
대기업 10명이상
연구개발
전담부서		 기업규모 상관없이 적용 1명이상
과학기술분야 영리연구법인 10명이상
물적
요건		 연구시설 및 공간요건 연구개발 활동을 수행해 나가는데 있어서 필수적인 독립된
연구공간과 연구시설을 보유하고 있을 것
※ "연구원창업 중소기업"은 특정연구기관, 국,공립연구기관, 비영리연구법인 에 3년 이상 재직하면서 창업에 관련된 신기술 또는 아이디어의 개발에 직접 참여한 연구원이 연구기관을 퇴직한 후 3년 이내에 관련업종을주 업종으로 창업한 기업임.
※ 설립일 5년 이내에 벤처기업으로 인정받고 기업부설연구소를 설립하는 경우에는 2명으로 설립 가능하다.
구분 내용
신고요건상의 차이점 연구개발전담부서는 소규모의 연구조직 형태로서 인적 요건상 연구전 담요원을 1인 이상이면 충분 (물적 요건은 동일함)
명칭 상의 차이점 전담부서는 “…센터”, “…연구소(원)”, “…(개발)본부” 등과 같이 연구 소와 혼동 될 수 있는 명칭은 사용할 수 없으며, 연구소도 일반적으로 전담부서로 통용되는 명칭은 사용할 수 없음
예) 전담부서의 명칭은 000개발전담부서, 000개발부, 000개발팀 사용가능
지원제도상의 차이점 전담부서는 일부 기술개발지원제도를 활용할 수 없음(지방세 면제, 병 역특례 등) 기업부설연구소가 신고ㆍ인정되어 있어야 연구개발투자 벤 처기업으로 확인받을 수 있다.
연구소/ 전담부서 설립을 통해 해당업체는 조세, 관세, 인력, 자금 등의 지원을 받게 됨.
구분 내용 기업부설연구소 연구개발전담부서
감면 연구 및 인력개발준비금의 손금산입 ○ ○
연구 및 인력개발비 세액공제 ○ ○
연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 ○ ○
기업부설연구소용 부동산에 대한 지방 세 감면 ○ X
관세 학술연구용품에 대한 관세감면 ○ ○
자금 국가연구개발사업 ○ △
병역특례 전문연구요원제도 ○ X
범 례 ○ 가능, △ 일부가능, X 불가능
구분 제도명 제도개관 비 고
조세 연구 및 인력개발비 세액 공제 각 과세연도 연구 및 인력개발비의 일정률을 법인세 또는 소득세에서 사후적으로 공제함(조세특례 제한법 제10조) 중소기업 우대
연구 및 인력개발을 위한 설비
투자 세액공제		 연구 및 인력개발 또는 신기술의 기업화를 위한 시설투자에 대하여 투자금액의 일정율을 세액 공제함(조세특례 제한법 제11조)  
기업부설연구소용 부동산에
대한 지방세 면제		 기업부설연구소용 부동산에 대하여 지방세(취득세,종합토지세,등록세,재산세)를 면제함 (지방세법 제282조) 연구소에한함
구분 제도명 제도개관
관세 산업기술연구ㆍ개발
용품에 대한 관세 감면		 연구개발용으로 수입하는 첨단기자재중 별도로 고시하는 일정품목 및 시약, 부분품, 원재료, 견품에 대하여 부과되는 관세의 80%를 감면함.
(관세법 제90조)
구분 제도명 제도개관 비 고
인력 중소기업 연구인력
고용지원사업		 신규채용 석/박사급 연구개발 인력
비용에 대한 인건비 보조금 지급 		중소기업에 한함
병역특례
(전문연구요원제도)		 일정기준을 갖춘 기업부설연구소가
신규 채용하는 연구전담요원에 대하여
배정된 T/O 한도내에서 병역의무를
면제함 (병역법 제36,37,39조)		 연구소에 한함
산업기능요원    
퇴직과학기술자    
구분 제도명 제도개관 비 고
자금 국가연구개발사업
참여지원제도		 특정연구개발사업, 산업기반기술개발사업,산업기술기반기반조성사업, 정보통신기술개발사업 등 국가연구개발사업 참여시 연구개발비의 일정률을 연구보조비로 직접 지원함  
중소기업판정시의
특별조치		 종원업수 산정시 연구전담요원를 종업원 수에서 제외시킴으로써 중소기업 판정 시 예외적으로 우대 적용함 연구소에 한함
중소기업 기술신용보증특례제도 기술우대보증 심사시 기술개발능력평가를 생략하고 25점 만점을 부여 받을 수 있는 특례 지원 대상기관(중소기업청장 추천)이 될 수 있음 연구소에한함
중앙정부 부처 및 공공기관에서는 각종의 기술개발자금 및 사업 발주 시 연구소 및 전담부서 보유 기업체에 대해서만 신청자격을 부여하거나 심사 선정 시 우대하는 등의 조치를 취하고 있다.
* 연구개발기업 유형으로 벤처기업 신청 시 연구소 보유 필수
* 중소기업청 중소기업기술혁신개발사업 신청 시 연구소 보유필수
* 건설교통부 건설교통기술연구개발사업 신청 시 연구소/전담부서 보유 필수
* 기술혁신형 중소기업(Inno-Biz) 신청 시 가점 부여